The Boy and the Heron memulai ceritanya dengan memperkenalkan penonton kepada Mahito Maki, bocah laki-laki berusia 12 tahun yang kehilangan ibunya, Hisako, dalam kebakaran rumah sakit di Tokyo pada saat Perang Pasifik berlangsung. Ayahnya, Shoichi, memutuskan menikah lagi dengan Natsuko, adik perempuan mendiang ibunya. Mereka lalu pindah ke pedesaan, tempat di mana Natsuko tinggal bersama
.